550 Remove directory operation failed.

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私の場合、FTPクライアントにFFFTPの1.92a（最新版）を使用していたのですが、安定版の1.82aに再インストールし、再度削除対象ディレクトリを見てみると、1.92では表示されなかった「.htaccess」がありました。

FTPで550エラーが出てフォルダを消せず悩んでいたら、同じ事象の方が。
隠しフォルダを表示し、削除することで解決